而在庚子国难中，他和李鸿章同为与八国联军的全权代表，做通了列强的工作。没追究庚子事变的首恶，保住慈禧的命，而又立了大功。
他一般不参与宫廷的内斗，用他自己的话说，谁对我听谁的；这或许是他能成为晚清政坛不倒翁的一个重要因素。
都说高处不胜寒，但身居高位的他好像从没引起谁的关注。不过，现在不一样了。因为，庚子国难中为保慈禧立了大功，越发得到慈禧地器重。
荣禄死后，他已经成了军机处的领衔军机大臣。他的儿子载振为商部尚书，父子俱贵，势焰熏天。
奕劻和袁世凯其实没有什么共同志向，两个人关系好，主要是奕劻能贪，袁世凯能送。
比如荣禄病危时，袁世凯听说奕劻要领衔军机处，即派杨士琦给奕劻送十万两银票。杨士琦曾告诉奕劻：“这微数目，不过是作为王爷到任后零用而已，以后还得特别报效。”
奕劻进入军机处成为领衔大臣后，袁世凯越发殷勤，每个月，每逢年、节日都有礼奉送。
遇有奕劻和福晋的生日，甚至奕劻儿子的成婚，女儿的出嫁，孙子的满月和周岁，所需开资都有袁世凯预先布置，不费王府一钱。
吃人家的嘴短，拿人家的手短，袁世凯有什么事，奕劻自然是尽全力。
两个人之间的关系，在朝廷差不多是尽人皆知。很多人在背后议论，称奕劻为袁世凯的傀儡，是袁世凯在朝廷的代理人。
奕劻伴随着位高权重，更加贪得无厌，变本加厉。
特别是任军机处的领衔军机大臣后，管理财政处、练兵处事务，集内外大权于一身。 与其子载振、大臣那桐卖官鬻爵，被当时的人们讥为“庆那公司”。
大小官员都去贿赂他，庆亲王府门庭如市。奕劻挥霍异常，但是尚能积蓄起巨款，在英商汇丰银行存入一百二十万两私产。
光绪三十四年，奕劻七十诞辰，大开祝典。成了官员们攀缘交结的好时机，而奕劻更是大肆进财纳贿。各地进献者络绎于道，王府门前车水马龙，列起了长阵。这一次七十寿诞，奕劻所得现金达五十万两白银之多，礼物价值更为百万两白银以上。
民国六年（一九一七年）一月二十九日，奕劻病死于天津租界，时年七十九岁。内务府大臣初拟谥“哲”，按谥号解，知人曰哲。
溥仪不同意，亲选四字，让内务府选择，为“谬、丑、幽、厉”。
溥仪之父载沣闻此，终觉同为宗室，有所不忍，劝溥仪网开一面。
溥仪仍不肯。后在亲贵力争之下，才赐谥“密”字， 密者，“追悔前过”之意。
当时的民国大总统黎元洪颁令，允许其子载振世袭和硕庆亲王的爵衔。
可见，在末代皇帝溥仪眼中，奕劻实为祸国之辈。当然，这是后话。
甲午战败之后，东三省就陷入日本和俄国的侵略威胁之中。进入一九零六年，形势越发紧急。盛京将军赵尔巽几次奏请朝廷派人前去实地查看，共商应对之策。
这一年的十一月，朝廷派奕劻之子、商部尚书载振和军机大臣徐世昌前去东三省查办此事。
载振和徐世昌途经天津，停了几天，袁世凯招待的极为热情周到。并派亲信，已经做了道员的段芝贵带人随行，主要是保护，也协助调查。
载振生长在骄奢淫逸的皇家贵族的豪门世家，是标准的公子哥，纨绔子弟，平日里既好渔色猎艳，又特喜欢观剧。
在中州会馆看戏时，见到一个色艺双艳、温柔妩媚、风情万种的歌妓杨翠喜，载振这位公子哥立即为之倾倒。心荡神摇、意乱情迷、不得自持。
段芝贵正在挖空心思攀高枝，见机会来了，马上用一万二千两银子将杨翠喜赎出，献给了载振。
载振大喜过望，欣然接受。
不久，段芝贵又从天津商务总会会长王竹麟处借得十万两银票，作为奕劻的寿礼送上，意在贿买高位。