其间，张无忌被峨嵋派周芷若用倚天剑刺中右胸后受伤大难不死
张无忌天性淳厚，待人友善，不欲正、邪两派互相残杀，遂挺身介入光明顶一役里，使明教免却灭顶之祸。张无忌在此役后名震天下，凭著盖世武功，年纪轻轻便当上新任明教教主。
六大门派于回程时遭朝廷所派遣的高手伏击后悉数被擒，囚禁于大都万安寺内。峨嵋派的镇派之宝倚天剑，亦落入汝阳王府的绍敏郡主赵敏手中。张无忌救回六大派后，应赵敏借看屠龙刀之请求，欲到冰火岛找义父谢逊去。
其间却打听到义父的下落，二人遂乘船到灵蛇岛，重遇谢逊。原来灵蛇岛的主人金花婆婆，曾败在峨嵋派掌门人灭绝师太的倚天剑之下，遂接回昔日伙伴谢逊到岛上来，欲向其借取屠龙刀，以雪当年一败的耻辱。
金花婆婆随明教总教使者离开到波斯去后，张无忌、谢逊等人为避开中原武林人士赶来抢夺屠龙刀而离开灵蛇岛，并流落到附近的荒岛上。
周芷若为了达成师父的遗愿，在岛上把众人迷倒并杀死殷离(未遂)嫁祸赵敏后将倚天剑和屠龙刀盗去，然后互砍刀剑，取得收藏在剑内的武功秘笈《九阴真经》，并借此练成“九阴白骨爪“和“白蟒鞭法“，成为一等高手。
成昆在消灭明教、控制丐帮的阴谋相继失败后便欲向少林派下手，先将重返中原的谢逊擒获，并将之囚在少室山以作饵诱，再教唆少林空闻方丈举行屠狮英雄大会，欲使各门各派自相残杀，好让自己坐收渔人之利。
最终成昆的诡计在张无忌、赵敏、“神雕侠侣“杨过，小龙女后人黄衫女子等人的干预下再次功败垂成，及后更被谢逊的七伤拳打至筋脉尽断，成为废人。
在少室山上，周芷若欲把谢逊除掉之际，被黄衫女子及时出手阻止，又被其正大光明的《九阴真经》武功摧坚神爪所制服，自己在荒岛上的劣行跟着亦当众被揭破。
其后张无忌、赵敏二人从周芷若身上取得《九阴真经》、《武穆遗书》及两块刻有桃花岛地图的铁片，由此得悉屠龙刀、倚天剑的秘密。原来，在南宋末年，在元军侵入宋境、襄阳快失陷时，大侠郭靖、黄蓉夫妇委托匠人把神雕侠侣杨过、小龙女所赠的玄铁重剑、君子剑、淑女剑分别熔铸成倚天剑及屠龙刀，然后将《九阴真经》、《降龙十八掌掌法精义》和《武穆遗书》收藏于其中，寄望后人以此复国。
后来张无忌把《武穆遗书》赠给义军将领徐达，以助其率领义军，连败元兵，将蒙古人逐回塞外，还我汉族河山，大侠郭靖、黄蓉夫妇当年的遗愿亦得以达成。
最终张无忌卸下明教教主职务后，与赵敏寄迹蒙古
九阳神功
源自九阳真经所载秘笈“此功佛道相参，刚柔并济，是中原武林最巅峰的武功。
练成“九阳神功“后，内力自生速度奇快，无穷无尽，普通拳脚也能使出绝大攻击力；防御力无可匹敌，护体功能反弹外力攻击，更是疗伤圣典，百毒不侵，专门克破所有寒性和阴性内力。
“九阳神功“集融会贯通的武学至理，练成后天下武学附拾皆可用。
乾坤大挪移
乾坤大挪移武学道理多元精妙，变化神奇，是西域武林最巅峰的武功。
此功分七层境界，悟性高者修习，第一层需七年，第二层加倍，如此愈发困难，秘笈作者本人只练至第六层，习至第七层者实是古往今来第一人。
主要有九大功能：包括激发最大潜力、集武功道理大成、复制对手武功、制造对手破绽、积蓄劲力、粘住掌力、牵引挪移敌劲、转换阴阳二气、借力打力等。与「九阳神功」融会贯通，天下武学，皆可学习。
看第二层心法，依法施为，也是片刻真气贯通，只觉十根手指之中，似乎有丝丝冷气射出。
张无忌练到第五层后，只觉全身精神力气无不指挥如意，欲发即发，欲收即收，一切全凭心意所之，周身百骸，当真是说不出的舒服受用。
这时练成乾坤大挪移神功，不论哪一家哪一派的武功都能取而为用。
张无忌的梅枝跟着微转，平平的搭在剑刃之上，一股柔和的劲力送出，何太冲的长剑直荡了开去，当的一响，刚好格开了高老者砍来的一刀。